Bei der Kommissionierung werden Artikel ganz individuell für den Kunden zusammengestellt und verpackt. Dabei sucht sich der Kunde meist die Waren im Katalog oder auf einer Website aus und gibt einen Auftrag zur Beschaffung. Im Lager wird der Kommissionierer dann tätig und kommissioniert den Auftrag. Hier werden die einzelnen Artikel im Lager zusammengesucht und als Auftrag zusammengefasst. Sind alle Artikel der Bestellung zusammengetragen, werden sie erfasst, verpackt und treten als Paket den Weg zum Kunden an.
Die Kommissionierung kann dabei vollautomatisch ablaufen. Gerade in einem Hochregallager ist es meist notwendig, dass die Kommissionierung automatisch abläuft und der Mensch nicht mehr eingreift. Die Regale sind sehr hoch und werden meist nur noch über Roboter angesteuert. Auch sind die Lager so groß, dass kaum ein Mensch weiß, wo die zahlreichen Artikel stehen. Ein Computer kann sich auch bei mehreren hunderttausend verschiedenen Artikeln merken, wo jeder einzeln zu finden. So wird eine Kommissionierung der Ware zum Kinderspiel.
In kleineren Lagern läuft dieser Prozess noch händisch ab und ein Mensch sucht die einzelnen Artikel zusammen. Hier dauert die Kommissionierung dann aber auch länger und die Fehlerquote ist höher. Daher wird hier meist ein Vier-Augen-Prinzip eingesetzt. Ein Mitarbeiter sucht die Artikel zusammen und ein Zweiter vergleicht die Artikel mit der Bestellung des Kunden.